泓迅科技自成立起,專注成為領先的合成生物學賦能技術公司,立足自身完備的基因制造平臺與生物設計平臺,閉環DBTL技術需求,為合成生物學的發展提供有效的技術工具及解決方案。

微生物的基因組中通常含有數千個基因,高通量低成本地發現這些基因與所研究表型之間關聯關系顯得尤為重要。全基因組CRISPR文庫所提供的抑制或激活基因表達工具庫能夠在多種篩選條件下,在全基因組水平上分析某種表型的關聯基因群,為微生物細胞工廠研究提供更有價值的發現。

泓迅科技領先的sgRNA合成和構建平臺,可實現對微生物基因組的高效、精準編輯。同時,在定制化CRISPR文庫構建的基礎上,推出Syno?大腸桿菌全基因組CRISPR抑制文庫、Syno?酵母全基因組抑制文庫和Syno?酵母全基因組激活文庫產品,有效縮短文庫交付周期。

  • Syno?大腸桿菌全基因組CRISPR抑制文庫
  • Syno?大腸桿菌全基因組CRISPR抑制文庫,包括55671個sgRNA和400個陰性對照sgRNA?;趪栏竦拿摪匈|量控制閾值,至少一個sgRNA靶向大腸桿菌中98.6%的蛋白質編碼基因(4140個)和79.8%的RNA編碼基因中(178個);至少有三個sgRNA靶向大腸桿菌中96.8%的蛋白質編碼基因和48.9%的RNA編碼基因中。CRISPRi文庫在基因組水平上的基因覆蓋率顯著超過了具有相似文庫大小的Tn-seq的報道,可以一次性研究細菌中數千個基因和特定表型的關系。

  • Syno?酵母全基因組CRISPR抑制文庫
  • Syno?酵母全基因組CRISPR抑制文庫中sgRNA的序列主要根據轉錄起始位點情況進行設計:(1)當通過測序獲得轉錄起始位點時,從該轉錄起始上游的220個堿基對到下游的20個核苷酸中選擇了靶點。(2)當沒有轉錄起始位點可用時,選擇編碼序列上游350到30個核苷酸之間的靶點。利用這些規則,設計了61094個針對所有帶注釋的蛋白質編碼基因的指南,除了那些預測的具有“可疑”特征的開放閱讀框,還針對非編碼RNA。大多數基因是由10個獨特且明確的sgRNA靶向。CRISPRi文庫可用于在酵母中進行全面、高精度的篩選。

  • Syno?酵母全基因組CRISPR激活文庫
  • Syno?酵母全基因組CRISPR激活文庫中sgRNA的設計的原則和數目與Syno?酵母全基因組CRISPR抑制文庫相同,二者主要的區別在于使用的載體類型不同,抑制文庫使用的是pdCas9_Mix_Yeast,激活文庫使用的是pdCas9_VPR_Yeast。

    服務優勢

    1. 精準的sgRNA設計:利用有效的sgRNA設計模型結合深度學習算法,設計出具有高靶向活性和低脫靶率的sgRNA序列。
    2. 節約成本:高編輯效率CRISPR文庫,減輕后期篩選工作的難度,降低研究成本。
    3. 一站式服務:提供NGS驗證、生信分析等定制化的服務。
    4. 嚴格質控:構建的文庫覆蓋率>99.9%,均一性<10。
    5. 交付周期短。

    服務詳情

    產品編號 產品名稱 序列信息 載體信息 價格 規格
    STCRI221420 Syno?大腸桿菌全基因組CRISPR抑制文庫 55671個sgRNA和400個陰性對照sgRNA pdCas9-E2 咨詢 200 μg
    STCRI222531 Syno?酵母全基因組CRISPR抑制文庫 61094個sgRNA pdCas9_Mix_Yeast 咨詢 200 μg
    STCRI222532 Syno?酵母全基因組CRISPR激活文庫 61094個sgRNA pdCas9_VPR _Yeast 咨詢 200 μg

    相關服務

      sgRNA定制化設計
      sgRNA文庫構建
      ssDNA合成
      微生物基因組編輯
      哺乳動物基因組編輯
      sgRNA生物信息分析

    參考資料

    1. Tianmin Wang, Changge Guan, Jiahui Guo, et al. Pooled CRISPR interference screening enables genome-scale functional genomics study in bacteria with superior performance. Nat Commun. 2018; 9: 2475.
    2. Nicholas J. McGlincy, Zuriah A. Meacham, Kendra K. Reynaud, et al. A genome-scale CRISPR interference guide library enables comprehensive phenotypic profiling in yeast. BMC Genomics. 2021; 22: 205.
    3. Elena Cámara, Ibai Lenitz, and Yvonne Nyg?rd. A CRISPR activation and interference toolkit for industrial Saccharomyces cerevisiae strain KE6-12. Sci Rep. 2020; 10: 14605.

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